Сюжет игры начинается с того, что Дезмонд очнулся в первичной тестовой программе Анимуса, где уже находится 16-й (как выяснилось, его имя — Клэй Качмарек).
16-й объясняет ему, что Анимус пытается найти Дезмонда и удалить, как вредоносный вирус, а Клэй изо всех сил пытается предотвратить это. Дезмонд должен будет пережить последние воспоминания своих предков, и столкнуться со своим собственным прошлым, и если это ему удастся, то произойдет синхронексус и он сможет выйти из комы.
