Игра повествует о миссии Самус Аран по уничтожению всех Метроидов на их родной планете SR388, чтобы Космические Пираты не смогли воспользоваться ими для своих зловещих целей. На этой планете Самус встречает Метроидов в различных стадиях их эволюционного жизненного цикла — от маленьких существ, похожих на медузу, до огромных летающих монстров, сходных с рептилиями.
