В начале игры Самус сообщает игроку, что собирается заново рассказать всю историю своей самой первой миссии на планете Зебес, которую она знало еще задолго до того, как Космические Пираты заполонили ее подземные пещеры. Итак, Самус получает задание от Галактической Федерации — уничтожить всех Метроидов на планете Зебес, а также механическую форму жизни — Mother Brain…
