События игры происходят непосредственно после Super Metroid. Самус Аран снится сон о ее недавней решающей битве с Mother Brain и смерти Малыша Метроида — последнего из своего вида с планеты SR388. Она просыпается в госпитале Галактической Федерации.
Спустя много дней Самус, находясь в своем корабле и вспоминая о Малыше, принимает сигнал бедствия с кодовым названием «Плач Младенца» с заброшенного космического Корабля-бутылки. Самус отправляется на помощь, считая, что этот сигнал предназначен именно ей.
