Доктор Эггман, после очередной битвы с ежом потерпел поражение и, предположительно, погиб. После этого главный герой, находясь в отдыхе на Южном Острове, получает от Тейлза информацию, в котором он сообщает, что Наклз был похищен неизвестной ему кланом Ноктюрнус. Соник со своей командой объединяются с военной организацией G.U.N для того, чтобы найти друга.
