Metroid Prime: Federation Force предполагает одиночную игру или кооперативный мультиплеер. В ней участвуют Пехотинцы, с боями пробивающиеся через вражеские базы для достижения определенных целей согласно их миссиям. В основном игра сосредоточена на многопользовательском режиме.
