Вскоре после событий игры Metroid Prime из неизвестного источника, находящегося в Алимбийском Кластере, приходит телепатическое сообщение, которое принимают многие разумные существа, среди которых есть и могучие охотники за головами. Сообщение гласит: «Секрет Непревзойденной Мощи находится в Алимбийском Кластере». Эта фраза звучит в умах охотников Силукса, Спайра, Ноксуса, Кандена, Уивела и ужасного Трейса. Сообщение звучит на разных языках и диалектах, и везде оно означает одно и то же. Это простое с виду послание побудило множество разумных существ ринуться, сломя голову, в Алимбийский Кластер в надежде отыскать там источник непревзойденной мощи и стать его обладателем. Некоторые хотят использовать ее для своих собственных устремлений, другим она требуется для достижения благородных целей — например, для спасения своего народа. Однако все они жаждут сразить друг друга, чтобы получить эту таинственную силу. Галактическая Федерация отправляет Самус Аран задание, в котором предлагает ей подробно выяснить источник и значение таинственного телепатического сообщения.
