Игрок принимает роль безымянного морпеха, как и в Doom 3.
Незадолго до момента начала игры, Герард просит Граффа проверить компьютерную безопасность данных Дженсена. Дженсен не проходит проверку безопасности и его отстраняют от работы. Дженсен подозревает причастность Герарда к увольнению. В это же время начинается первое вторжение на базу UAC.
