Игра продолжает историю о сверхъестественном существе Альме — умершей за много лет до событий игры девушке с невероятными экстрасенсорными способностями, которая полна ненависти к тем, кто пытал её, лишил детей и в итоге убил.
Протагонист игры — Майкл Беккет, оперативник отряда «Дельта», чья команда отправлена арестовать Женевьеву Аристид приблизительно за тридцать минут до окончания оригинальной игры F.E.A.R.
