Действие разворачивается в 2072 году, как сообщается во вступительном ролике игры. Когда на Земле были исчерпаны практически все ресурсы, компания TriOptimum начала разработку специальных орбитальных станций, предназначенных для добычи ресурсов на других планетах.
Одна из таких станций была сразу же выпущена в космос. Эта станция получила название «Цитадель», и она управлялась специальным ИИ, именуемым SHODAN. Однако с запуском «Цитадели» бурение планет не началось, так как SHODAN отключила энергетический луч для добычи ресурсов. Это было связанно с тем, что на планете находились живые существа, и эта планета не подлежала тому, чтобы её уничтожать. Такая неудача могла бы повлечь за собою проблемы с финансами TriOptimum и репутацией вице-президента компании, Эдварда Диего, если бы не один маленький инцидент, произошедший в это же время на планете Земля.
