Игра начинается в 2009 году, после событий Splinter Cell: Double Agent. Сэм Фишер приходит на кладбище к могиле своей дочери, где его арестовывают сотрудники АНБ по обвинению в терроризме и убийстве Ламберта. Сэм понимает, что его кто-то подставил. Во время допросов Фишер вспоминает свое прошлое.
