Сюжет дополнения продолжает сюжетную линию, которая началась в оригинальной игре.
«Выжигатель мозгов» удалось отключить, тем самым открыв проход к центральному сектору Зоны. Правительство разрабатывает план крупномасштабной военной операции, которой присваивается кодовое название «Фарватер». Основная цель операции — взятие Чернобыльской атомной электростанции под тотальный контроль военных.
