В предыдущей части Lost Planet игрок был свидетелем начала процесса терраформирования планеты E.D.N.III, полностью покрытой толщей льда. Процесс перевоплощения планеты осуществляется крупной корпорацией NEVEC. Благодаря реализации проекта ФРОНТИР, идею удаётся реализовать. Есть один нюанс — терраформирование уничтожит всю жизнь на планете.
В Lost Planet 2 игрок возвращается на E.D.N.III. Терраформирование завершилось, однако «коренному населению» планеты удалось выжить. Акриды — раса насекомоподобных инопланетян, которые с древних времён заселяли планету, смогла приспособиться к новым условиям жизни и теперь всячески стремится уничтожить человека.
