Действие игры происходит в 431 году до н. э., за четыреста лет до событий Assassin’s Creed Origins. В ней рассказывается история Пелопонесской войны, происходившей между древнегреческими полисами. Игроку предстоит взять на себя роль наёмника Алексиоса или Кассандры и сразиться на стороне Афин, руководящих Делосским союзом, или же Спарты, возглавляющей Пелопоннесский союз. Главная сюжетная линия концентрируется вокруг попыток брата или сестры воссоединиться с семьёй после того, как в детстве они оба были сброшены с обрыва и оставлены умирать своим отцом по приказу спартанского оракула.
