Действие игры происходит в 2548 году. Прошло больше 300 лет с того момента, как Земля потеряла контакт с космическим кораблём U.N. Ozymandias. Но каким-то образом он вновь появляется около планеты Юпитер. Специальную команду под названием S.O.A.R. (Special Operations And Reconnaissance) отправляют на корабль, чтобы узнать, что на самом деле там произошло.
