События игры происходят в Испании в 1491 году, в промежутке между событиями Assassin’s Creed II. Эцио Аудиторе да Фиренце отправляется в эту страну, чтобы спасти своих товарищей из Ордена, которые были схвачены инквизицией, и раскрывает заговор Тамплиеров.
