Сюжет представляет собой чуть изменённый сюжет Red и Blue. В начале игры игроку не дают выбора из трёх стартовых покемонов — игроку дают Пикачу, а его сопернику — Иви. Продвигаясь по сюжету, игрок может встретить таких персонажей аниме, как офицер Дженни, Джесси, Джеймса и Мяута. Пикачу, которого игроку дают в самом начале игры, нельзя отпустить или заставить эволюционировать. Как и Эш Кетчум — главный герой аниме по играм, игрок может получить всех трёх стартовых покемонов из Red и Blue.
Задача игрока заключается в том, чтобы собрать как можно больше покемонов и с их помощью победить всех лидеров стадионов, а затем и Элитную Четвёрку, попутно противостоя Команде R — могущественной преступной организацией, отлавливающей и ворующей редких покемонов для того, чтобы стать сильнее.
