Действие игры проходит через три года после окончания Red, Blue и Yellow. Главный герой Gold и Silver (игрок может дать ему любое имя на своё усмотрение) живёт в Нью-Барке, в маленьком городке на востоке Джото. В начале он идёт к профессору Эльму, местному эксперту по покемонам, и получает от него одного из трёх стартовых покемонов на выбор: водного Тотодайла, огненного Синдаквила или травяную Чикориту. Эльм посылает героя к его старому другу, чтобы получить яйцо покемона. У него дома герой встречает профессора Оука, который выдаёт ему Покедекс. Через некоторое время после этого соперник главного героя (ему также можно дать любое имя) крадёт одного из двух оставшихся покемонов и сражается с главным героем на определённых моментах игры.
Путешествуя по миру, игрок посещает стадионы, находящиеся в разных городах Джото.
