После событий двенадцатой «Фантазии» прошёл ровно год, протагонист по имени Ваан, исполнив свою давнюю мечту, стал настоящим воздушным пиратом и обзавёлся собственным кораблём. Вместе со своей верной подругой Пенело и некоторыми другими персонажами из оригинальной игры он отправляется в новое путешествие, которое приводит героев на загадочный латающий континент Лэмурес.
