После событий Conviction проходит полгода. «Третий эшелон» был расформирован.
Террористическая организация «Инженеры» пригрозила США устроить серию терактов, именуемую «Чёрным списком», если США не выведут свои войска со всех зарубежных баз. Президент США лично обращается к Сэму Фишеру за помощью и создает «Четвертый эшелон», который возглавляет сам Фишер, а его помощником становится старая боевая подруга — Анна Гримсдоттир. Президент сообщает Сэму, что это самая страшная угроза в истории США и дает ему «Пятую свободу», свободу защищать первые четыре свободы.
