События разворачиваются спустя двадцать лет после завершения истории первой части. Крупнейшие мировые фракции объединились и управляют миром. К этим организациям относятся: Орден, ВТО, Омары, Корпорация «Апостол» и Тамплиеры.
Главный герой игры — Алекс Д. Он начинает свой путь после того, как ему удаётся скрыться от террористического нападения, впоследствии ставшего причиной уничтожения Чикаго. Алекс эвакуируется в офис корпорации Тарсус, находящегося в Сиэтле. Вместе с ним спасаются кадеты Клара Спаркс, Билли Адамс и Лео Джанковски, а также руководитель проекта.
