События игры разворачиваются после аддона Painkiller: Overdose, тем самым игнорируя события Resurrection, Redemption и Recurring Evil. Дэниел Гарнер, прошедший через мясорубку в борьбе против армии Люцифера, оказался обманут силами Рая и Ада и так и остался в Чистилище, без какой-либо возможности выбраться оттуда и окончательно потеряв надежду снова увидеть свою жену Кэтрин.
Однажды, когда Дэниел сидит на кладбище, к нему внезапно является сам Жнец и предлагает ему сделку: если Дэниел соберет для него 7 тысяч душ, то Жнец позволит ему отправиться в Рай, к жене. Дэниел сомневается в сделке, однако соглашается, когда Жнец говорит ему, что тот слишком опасен для Чистилища. Жнец оставляет ему особое оружие — «Ловец душ» и исчезает.
