Действие игры происходит в 2251 году, через 36 лет после событий первой части.
Джон Далтон, бывший военный и действующий маршал Земной Колониальной Администрации, вместе со своей командой занимается патрулированием дальней части космоса. Он прибывает на базу Авалон, штаб TCA, чтобы узнать, была ли удовлетворена его заявка на восстановление по службе. Начальник штаба, коммандер Хокинс, сообщает, что запрос был отклонен и будет пересмотрен повторно через полгода. Там же Джону дают новое задание, и он возвращается на свой корабль, Атлантиду.
