Проходит год после событий Metal Slug 3, и мир оказывается под угрозой таинственного кибер-вируса который способен уничтожать военную компьютерную сеть любого государства. Тарма и Эри не могут помочь, поскольку заняты собственным расследованием, так что, проблему выпадает решать Марко и Фио, к которым присоединяются два новичка — Надя и Тревор.
