Основные события второй части игры разворачиваются спустя 250 лет после окончания войны с клисанами — в 3300 году. Человечество поддерживает отношения с четырьмя другими развитыми цивилизациями нашей галактики: малоками, пеленгами, фэянами и гаальцами. Продолжает развиваться Коалиция Разумных Рас.
Внезапно, появляется новая угроза для Галактики — Доминаторы — форма кибержизни, наделённая собственным интеллектом. Они появились в результате слияния клисан с опасными боевыми роботами, наделёнными интеллектом и способными к регенерации. Коалиция отказалась от этих машин и уничтожила их. Но малоки отправили небольшую партию роботов на отдалённую планету, которую после этого захватывают клисаны. Малоки поняли свою ошибку и сбросили на планету атомную бомбу. Страшный взрыв уничтожил и роботов, и клисан. Но некоторые модули сохранили жизнеспособность. Изменённые радиацией, они соединились с клисанскими боевыми модулями, и появился новый вид небиологической жизни — Доминаторы. Существуют три вида Доминаторов (блазероиды, келлероиды и терроноиды), которые сражаются против сил Галактической Коалиции. Помимо этого Доминаторы воюют друг с другом из-за различных целей.
Игроку предстоит выступить в роли космического рейнджера, который может заниматься самой разной деятельностью, но в конечном счёте, преследует цель спасения Галактики от вторжения доминаторов.
