Сюжет игры фокусируется на молодом человеке по имени Ноктис Люцис Каэлум, наследном принце государства Люцис, где хранится последний оставшийся в мире таинственный магический кристалл.
В начале игры кристалл обманом похищается вторгшейся враждебной нацией Нифльхейм, из-за чего начинается глобальный конфликт с другими народами, которые желают получить кристалл. Ноктис и его ближайшие друзья отправляются в путешествие, чтобы попытаться вернуть потерянную магическую реликвию.
