На улицах Нью-Йорка растёт подростковая преступность. Телеведущая новостей Эйприл О’Нил во время съёмок наткнулась на панков, которые захотели её убить. Она прыгнула в канализацию, панки понеслись за ней, но Эйприл выжила благодаря четырём странным существам.
Только потом она узнаёт, что это 15-летние черепахи-мутанты, размером с человека и искусно владеющие ниндзюцу. Их наставником оказался человек-крыса, мастер по кличке Сплинтер. Он-то и поведал историю о том, что раньше он был человеком по имени Хамато Йоши, главным в клане ниндзя. Но из-за его завистника Ороку Саки он был изгнан и попал в канализацию. В это время в канализацию попал аквариум с маленькими черепашками. Позже в канализацию попал мутаген, из-за которого черепахи мутировали в людей, а Йоши — в крысу.
Крыса Сплинтер обучил черепах искусствам ниндзя и дал имена в честь художников эпохи Возрождения: Донателло, Рафаэль, Леонардо и Микеланджело.
Эйприл становится их подругой и союзником, а черепашки находят старого врага Сплинтера — Ороку Саки по прозвищу Шреддер. Он захватил Сплинтера и предлагал перейти на их сторону, но черепахи отказались, спасли Сплинтера и дали обет бороться против Шреддера.
