На улицах Нью-Йорка растет подростковая преступность. Телеведущая Эйприл О'Нил во время съемок наткнулась на панков, которые хотели ее убить. Она прыгнула в канализацию, за ней бросилась шпана, но Эйприл выжила благодаря четырем странным существам.
Только тогда она узнает, что это 15-летние черепахи-мутанты, размером с человека и искусно владеющие ниндзюцу. Их наставником оказался человек-крыса, мастер по имени Сплинтер. Именно он рассказал историю о том, что когда-то он был человеком по имени Хамато Йоши, главой клана ниндзя. Но из-за своей ревности Ороку Саки он был изгнан и оказался в канализации. В это время в канализацию упал аквариум с маленькими черепахами. Позже в канализацию попал мутаген, из-за которого черепахи мутировали в людей, а Йоши — в крысу.
Рэт Сплинтер обучил черепах искусству ниндзя и назвал их в честь художников эпохи Возрождения: Донателло, Рафаэля, Леонардо и Микеланджело.
Эйприл становится их другом и союзником, а черепахи находят старого врага Сплинтера — Ороку Саки по прозвищу Шреддер. Он поймал Сплинтера и предложил перейти на их сторону, но черепахи отказались, спасли Сплинтера и поклялись сражаться против Шреддера.
