Действие фильма «2199: Космическая одиссея» (Космический линкор «Ямато») происходит в 2199 году, через пять лет после нападения инопланетян на Землю. Нашу планету разорили инопланетяне, остатки человечества скрылись под землей, чтобы спрятаться от зараженной радиацией поверхности.
Однажды бывший пилот Судзуми Кодай (Такуя Кимура) обнаруживает капсулу, отправленную с планеты Искандер, из которой герой фильма «2199: Космическая одиссея» узнает, что существует устройство, способное спасти Землю от радиоактивного заражения. Если этого не сделать, то в самое ближайшее время погибнет остальная часть народа.
Космический линкор «Ямато», последний сохранившийся межзвездный корабль, отправляется через 148 000 световых лет к далекой планете Искандер, где находится нейтрализатор, то самое устройство, которое способно спасти нашу планету.
