Действие фильма «2199: Космическая одиссея» (Space Battleship Yamato) разворачивается в 2199 году, спустя пять лет после того, как инопланетяне напали на Землю. Наша планета разорена пришельцами, остатки человечества сбежали в подземелья, чтобы укрыться от зараженной радиацией поверхности.
Однажды бывший пилот Сузуми Кодай (Такуя Кимура) обнаруживает капсулу, посланную с планеты Искандер, из которой герой фильма «2199: Космическая одиссея» узнает, что есть устройство, которое может спасти Землю от радиоактивного заражения. Если этого не сделать, то в течении самого ближайшего времени остальная часть людей погибнет.
Космический линкор «Ямато», последний уцелевший межзвездный корабль, отправляется через 148 000 световых лет к далекой планете Искандер, туда, где находится нейтрализатор, тот самый прибор, который может спасти нашу планету.
