Русский учёный Владимир Нехорвич, работавший на компанию Biocite Farmaceutical, разработал новый препарат, исцеляющий от гриппа. В ходе тестирования, для лабораторных целей, был создан новый вирус гриппа, на котором проверяли лекарство. Он оказался опасным биологическим оружием, которое Нехорвич назвал «химера». Антивирус получил название «беллерофонт».
Коррумпированный шеф Biocite Farmaceutical Джон МакКлой вступил в сговор с бывшим сотрудником IMF Шоном Амброузом с целью продать «химеру». Итан Хант должен остановить преступника. В помощь ему и его команде дают Найю Нордофф-Холл, профессиональную воровку, с которой у Амброуза раньше была любовная связь.
