Мир сериала похож на современную Японию, однако есть и некоторые отличия. Так, например, главный герой живёт в «ученическом городке», где 80% жителей составляют учащиеся (при общей численности населения в 2,3 млн человек). Экстрасенсорные способности признаны наукой и представляют собой достаточно обычное явление, по степени обладания ими люди делятся на категории: от Уровня 0 (невозможность применения своей способности) до Уровня 5 (наивысшие способности). Магия же, напротив, официально не признаётся.
Камидзё Тома — ученик старшей школы. У него нет экстрасенсорных способностей, и он не верит в магию и тому подобные вещи. Однако, его правая рука имеет необычную особенность: она нейтрализует всё экстрасенсорное и магическое, к чему прикасается. Однажды, проснувшись утром, Тома обнаружил висящую на перилах балкона девушку в одежде, напоминающей одеяние монахини. Девушка рассказала, что её зовут Индекс, и что в её памяти хранится 103 тысячи запрещённых церковью магических книг. А также, что за ней и её памятью охотятся маги. Тома поначалу ей не поверил, однако, как вскоре выяснилось, сказанное было не так уж далеко от истины…
