Прошло полгода после событий первого фильма. Повстанцы узнают ужасную новость: машины копают землю, чтобы добраться до Сиона — единственный город людей. Командир Лок приказывает всем кораблям вернуться в город для подготовки к обороне. Однако Морфеус, капитан корабля «Навуходоносор», не выполняет приказ, полагая, что «Пифия» вскоре свяжется с Нео, чтобы рассказать остальную часть пророчества.
Но «Навуходоносору» требуется подзарядка, и Морфеус вынужден вернуться на Зион, оставив корабль в контакте с Пифией. Капитан этого корабля получает сообщение от Пифии, но во время выхода из Матрицы на одного из членов экипажа, Бэйна, нападает агент Смит и превращает его в одного из своих клонов, который выходит в реальный мир через телефон. Таким образом, Смит в роли Бэйна оказывается в реальном мире.
