После событий первого фильма прошло полгода. Повстанцы узнают страшную весть: машины копают землю, чтобы добраться до Зиона — единственного города людей. Командор Лок приказывает всем кораблям вернуться в город, чтобы приготовиться к защите. Однако Морфеус, капитан корабля «Навуходоносор», не выполняет приказ, веря, что Пифия скоро свяжется с Нео, чтобы рассказать оставшуюся часть пророчества.
Но «Навуходоносору» требуется подзарядка, и Морфеус вынужден вернуться в Зион, оставив корабль на связи с Пифией. Капитан этого корабля получает сообщение от Пифии, но во время выхода из Матрицы на одного из членов команды, Бэйна, нападает агент Смит и превращает его в одного из своих клонов, который уходит в реальный мир через телефон. Таким образом Смит в образе Бэйна попадает в реальный мир.
