В Ньюпорт-Сити взрывается бомба, убивая торговца оружием, у которого могут быть связи с таинственной организацией 501. Сотрудник службы безопасности Арамаки нанимает военного хакера Мотоко Кусанаги помочь ему разобраться в этом деле. Но детектив Тогуса, расследующий серию убийств проституток, которые, как он полагает, связаны с происшествием, полагает, что Кусанаги сама — преступник. Кроме того, за Кусанаги следит и полковник из организации 501.
