В Ньюпорт-Сити взорвалась бомба, убив торговца оружием, который мог быть связан с загадочной организацией 501. Офицер службы безопасности Арамаки нанимает военного хакера Мотоко Кусанаги, чтобы тот помог ему докопаться до сути дела. Но детектив Тогуса, расследующий серию убийств проституток, которые, по его мнению, связаны с произошедшим, считает, что сама Кусанаги — преступник. Кроме того, за Кусанаги следит и полковник из организации 501.
