История начинается с того, что обычный ученик средней школы по имени Муто Кадзуки, видит странный сон о том, как огромный змей нападает на бегущую девушку. В этом сне Кадзуки бросается её защищать, и змей убивает его. Однако Кадзуки считает, что всё это обычный сон — ведь он проснулся в собственной постели и пошёл, как обычно, в школу.
Однако всё только начинается. Уже после уроков он сталкивается нос к носу с учителем, который внезапно превращается в того самого змея и нападает на Кадзуки. Однако девушка, которую он видел во сне, неожиданно появляется, уничтожает змея и объясняет Кадзуки, что на самом деле всё, что было вчера — не сон, и что она спасла его, вложив вместо сердца Какуганэ — идеальный сплав, созданный при помощи алхимии, а змей — это гомункулус, этой же алхимией созданный.
Сама Токико — боевой алхимик, чья жизнь — бой с гомункулусами, которые пожирают людей. Она предлагает Кадзуки выбор: остаться жить как все, быть обычным школьником, либо вступить на путь бесконечных сражений, чтобы защищать людей. И Токико настоятельно советует Кадзуки выбрать первый путь.
Однако Кадзуки выбирает второй путь, придя на помощь Токико в критический момент, когда она уничтожала экспериментальную фабрику по производству гомункулусов, и попала в засаду. Он создал из Какуганэ, что был в его груди, боевое алхимическое оружие, и победил гомункулусов. И теперь его путь — битва бок о бок с Токико.
