История начинается с того, что обычному старшекласснику по имени Муто Казуки приснился странный сон об огромной змее, напавшей на бегущую девушку. В этом сне Кадзуки бросается защищать ее, но змея убивает его. Однако Кадзуки считает, что это все лишь сон — ведь он проснулся в своей постели и, как обычно, пошел в школу.
Однако все только начинается. После уроков он сталкивается лицом к лицу с учителем, который внезапно превращается в ту самую змею и нападает на Кадзуки. Однако внезапно появляется девушка, которую он видел во сне, уничтожает змею и объясняет Казуки, что на самом деле все, что произошло вчера — не сон, и что она спасла его, поставив Какугане вместо его сердца — идеальный сплав, созданный с помощью алхимии и змей — Это гомункул, созданный той же алхимией.
Сама Токико — боевой алхимик, чья жизнь — сражайтесь с гомункулами, пожирающими людей. Она предлагает Кадзуки выбор: остаться как все, быть обычным школьником или встать на путь бесконечных сражений, чтобы защитить людей. И Токико настоятельно советует Кадзуки выбрать первый путь.
Однако Кадзуки выбирает второй путь, придя на помощь Токико в критический момент, когда она разрушала экспериментальную фабрику гомункулов и попала в засаду. Он создал военное алхимическое оружие из Какугане, находившегося в его груди, и победил гомункулов. И теперь его путь — сражайтесь бок о бок с Токико.
