История разворачивается в далеком будущем, через тысячу лет после того, как люди покинули Землю, разрушенную гигантскими инопланетными монстрами по имени Гауна, на борту огромного космического корабля, созданного из останков планеты под названием Сидония. Вместе с ним покинули Землю и другие звездолеты, но связь с ними была давно потеряна и что с ними случилось — неизвестный.
История повествует о Нагате Таниказе, который с рождения жил в недрах Сидонии вместе со своим дедом. Там он каждый день тренировался на старых симуляторах, мечтая стать пилотом Guardian. Когда еда закончилась, Таниказе был вынужден подняться на более высокие уровни, чтобы украсть рис, но был схвачен.
