История происходит в далёком будущем, через тысячу лет после бегства людей с Земли, разрушенной гигантскими инопланетными монстрами, называемыми Гауна, на борту огромного космического корабля, созданного из остатков планеты под названием Сидония. Вместе с ним Землю покинули и другие звездолёты, но связь с ними давно потеряна и что с ними стало — неизвестно.
История рассказывает о Нагатэ Таникадзэ, с рождения жившем в подповерхностном слое Сидонии со своим дедом. Там он каждый день тренировался на старых тренажёрах, мечтая стать пилотом Стража. Когда еда закончилась, Таникадзэ был вынужден подняться на более высокие уровни, чтобы украсть рис, однако был схвачен.
