Спустя некоторое время после битвы на вершине Сакс-Тауэр, четверо братьев-черепашек: Леонардо, Донателло, Микеланджело и Рафаэль продолжают жить беззаботной жизнью подростков-ниндзя. Чтобы не раскрывать себя они согласились с тем, чтобы лавры человека, остановившего Эрика Сакса и Клан Фут со Шреддером во главе, присвоил себе Вернон Фенвик.
Тем временем, Эйприл О’Нил, продолжающая работать журналисткой, следит за известным учёным Бакстером Стокманом, ранее работающим на Сакса, и связанный с Кланом Фут. При помощи часов-компьютера, подаренных Донни, она успевает скачать данные из компьютера учёного, и перед тем как защитная программа успевает их стереть, она читает сообщение о готовящемся побеге Шреддера во время переправки злодея из городской тюрьмы.
