Спустя некоторое время после битвы на вершине Башни Сакс четыре брата-черепахи: Леонардо, Донателло, Микеланджело и Рафаэль продолжают жить беззаботной жизнью подростков-ниндзя. Чтобы не раскрыть себя, они согласились, что лавры человека, остановившего Эрика Сакса и клан Фут во главе с Шреддером, должен присвоить Вернон Фенвик.
Тем временем Эйприл О'Нил, все еще работающая журналисткой, следует за известным ученым Бакстером Стокманом, ранее работавшим в Sachs и связанным с кланом Фут. С помощью компьютерных часов, подаренных Донни, ей удается загрузить данные с компьютера ученого, и прежде чем программа безопасности успевает их стереть, она читает сообщение о готовящемся побеге Шреддера во время транспортировки злодея из городской тюрьмы.
