Действие фильма происходит через 15 лет после событий первого фильма и 5 лет после событий второго фильма.
Через некоторое время после того, как американские военные были призваны сражаться со всё более умнеющим и опасным племенем обезьян, клан, возглавляемый шимпанзе Цезарем, подвергается в лесу нападению военизированной группы, известной как Альфа-Омега. У них на службе находятся обезьяны, которых они называют «шавками», и которые ранее были последователями Кобы.
Цезарь планирует перевести свой клан через пустыню, не желая больше жертв среди обезьян. В ночь перед переходом Альфа-Омега проникает в лагерь, а Полковник убивает жену Цезаря и их старшего сына, Синеглаза. Цезарь отправляется мстить Полковнику. Его сопровождают Морис, орангутан и советник Цезаря, горилла Лука и Ракета, шимпанзе-адъютант Цезаря.
