Действие фильма происходит через 15 лет после событий первого фильма и через 5 лет после событий второго фильма.
Спустя некоторое время после того, как американские военные призваны сражаться со все более умным и опасным племенем обезьян, клан, возглавляемый шимпанзе Цезарем, подвергается нападению в лесу военизированной группировки, известной как Альфа Омега. У них на службе есть обезьяны, которых они называют «дворнягами», и которые ранее были последователями Кобы.
Цезарь планирует переместить свой клан через пустыню, не желая новых жертв среди обезьян. В ночь перед переправой Альфа Омега проникает в лагерь и полковник убивает жену Цезаря и их старшего сына Голубоглазого. Цезарь намеревается отомстить полковнику. Его сопровождают Морис, орангутан и советник Цезаря, горилла Лук и Ракета, шимпанзе-адъютант Цезаря.
