Профессор Дэн Комёдзи создает Дзиро (Кикайдера), но происходит взрыв. После этого дети профессора — Мицуко и Масару не смогли найти его тело. Мицуко принимает Дзиро, учит его принимать форму Кикайдера и объясняет, как работает система БЛИЗНЕЦОВ внутри него. Отношения между Мицуко и Дзиро продолжают становиться ближе, пока таинственный незнакомец не начинает играть на флейте, способной манипулировать Дзиро. Он нападает на Мицуко, и она думает, что Дзиро виноват. Дзиро убегает от Мицуко и Масару, опасаясь быть уничтоженным.
Мицуко нанимает Ханпея Хаттори и его ученика Сарутоби, чтобы они нашли Дзиро. На протяжении всей истории Дзиро сражается с другими роботами и узнает больше о профессоре Гилле (который использовал против него флейту) и злой организации DARK.
