Профессор Дэн Комёдзи создаёт Дзиро (Кикайдера), но происходит взрыв. После этого дети профессора — Мицуко и Масару не смогли найти его тело. Мицуко берёт себе Дзиро и учит его принимать форму Кикайдера и объясняет, как устроена система GEMINI, которая находится внутри него. Отношения между Мицуко и Дзиро продолжают становится всё ближе до того момента, пока таинственный незнакомец не начал играть на флейте, которая может манипулировать Дзиро. Он нападет на Мицуко, и та думает что Дзиро неисправен. Дзиро сбегает от Мицуко и Масару в страхе быть уничтоженным.
Мицуко нанимает Ханпэи Хаттори и его ученика Сарутоби, чтобы те нашли Дзиро. На протяжении истории Дзиро сражается с другими роботами и узнает больше о профессоре Гилле (который использовал против него флейту) и злой организации DARK.
