Действие происходит в 2011 году после событий в Splinter Cell: Essentials. Бывший офицер Морских Котиков Виктор Косте, друг и бывший сослуживец Сэма Фишера, был взят в плен и группа неизвестных людей проводит допрос, а он при этом вспоминает и рассказывает основную историю сюжета.
Сэм Фишер, некогда лучший оперативник спецподразделения АНБ Третий Эшелон теперь находится в бегах из-за убийства своего начальника и лучшего друга Ирвинга Ламберта, паралельно пытаясь найти убийцу своей дочери Сары.
