Действие происходит в период между Shin Megami Tensei и его продолжением, когда выжившие после разрушения Токио укрываются в подземных бункерах. Взяв на себя роль отладчика, игрок перемещается по виртуальному миру Idea Space, который подвергся атаке демонических существ, называемых «шумом».
