Действие игры происходит между Shin Megami Tensei и его продолжением, после войны, опустошившей Землю и вызвавшей вторжение демонов. Персонаж игрока, истребитель демонов, должен взаимодействовать с демонами, наводняющими постапокалиптический Токио, и бороться с ними.
