В феврале 1975 года, до Биг Босса доходят сведенья о Лагере Омега и его узниках, Паз и Чико. На кануне прибытия инспекции МАГАТЭ, все следы Metal Gear ZEKE были благополучно спрятаны Хью Эммерихом и доктором Стрэйнджлав, а весь гражданский персонал, включая француженку-орнитолога Сесиль Косима Каминадес, были переправлены на территории их родных стран. Аманда Валенсиано Либре, сестра Чико, возглавила оставшиеся силы сандинистов на Кубе. Биг Босс решается отправится на поиски Паз и Чико, чтобы одновременно спасти членов MSF и наладить отношения с «Шифром», которые могут задушить Outer Heaven в зародыше.
