Deadly Premonition 2 делит игровой процесс на две части. В первом игрок берет на себя роль агента ФБР Алии Дэвис, которая допрашивает Фрэнсиса Зака Моргана в его квартире о том, как он ведет дело, связанное с убийством девочки-подростка. Во втором игрок управляет молодым Фрэнсисом Йорком Морганом в городе Ле Карре в Луизиане за четырнадцать лет до этого.
