Действие разворачивается в мире, в котором не существовало ничего, кроме безграничного океана. Так было до тех пор, пока не появилось два великих гиганта, Бионис и Мехонис. Титаны развернули между собой битву, продолжавшуюся многие века, пока не сразили друг друга смертельными ударами. С тех пор посреди безграничного океана остались лишь два безжизненных тела титанов. Спустя бесчисленное количество лет на телах титанов образовалась новая жизнь. На Бионисе появились органические гуманоиды, известные как «хом», а на Мехонисе — механические существа, названные «мехон». Так же, как и титаны, хомы Биониса и мехоны Мехониса, вели между собой непрекращающиеся войны в попытках выжить.
Центральный герой игры — 18-летний парень Шулк, живущий в Колонии № 9 на Бионисе. Когда колонию хомов атакуют мехоны, он получает легендарный энергетический меч Монадо, который является одним из сильнейших орудий для поражения мехонов. Вместе со своими друзьями Шулк отправляется в путешествие через весь мир с целью остановить вторжение мехонов и окончить войну раз и навсегда.
