Истоки сюжета Chaos Theory берут своё начало в игре Tom Clancy’s Splinter Cell, где канадский хакер Филипп Массе изобретает компьютерные алгоритмы, так называемые «Коды Массе», которые использовались для ведения информационной войны с Америкой. Филипп Массе был гением, опередившим время, его компьютерные алгоритмы считались идеальным оружием XXI века для ведения войн такого рода. Третий эшелон ставит себе задачу не допустить попадания «Кодов Массе» в плохие руки.
