Действие игры разворачивается в 2012 и во времена Третьего крестового похода, а именно в 1191. Бармена Дезмонда Майлза, главного героя, похищает корпорация «Абстерго», которая с помощью Анимуса, машины для извлечения генетической памяти, хочет найти артефакт Первой Цивилизации. В курс дела Дезмонда вводят учёный Уоррен Видик и его ассистентка Люси Стиллман. Они рассказывают ему, что он является потомком ассасина Альтаира ибн-Ла-Ахада, который обнаружил артефакт, и через него хотят узнать местонахождение артефакта.
