Действие Crysis 2 разворачивается в 2023 году, спустя 3 года после событий первой части на острове Лингшан. Конфликт США и Северной Кореи не стал достоянием общественности, как и столкновение и тех, и других с инопланетянами — цефалоподами, или цефами. В Нью-Йорке разразилась эпидемия неизвестного вируса (названный Манхэттенским вирусом), имеющего, по слухам инопланетное происхождение, и ЧВК C.E.L.L., частный военный подрядчик «Харгрив-Раш» и дочерней ей компании CryNet, создавшей нанокостюмы, пытается сохранить порядок.
