Игра начинается с представления портового города, разрушенного и затонувшего в результате катаклизма. Позже на его месте возник Роугпорт, где стали ходить легенды о сокровищах, скрытых под водой за Тысячелетней дверью. Однажды принцесса Пич купила карту, которая должна привести к этим сокровищам, и рассказала о ней Марио…
