Действие игры разворачивается спустя три года после событий Mysteries of the Sith. Боясь вновь соблазниться темной стороной Силы, Кайл Катарн отказывается от неё и своего светового меча. Он вновь работает простым наёмником на Новую Республику, вместе с Джен Орс, участвуя в разгроме последних сил имперского Остатка. Во время очередной миссии Кайл и Джен встречают тёмного джедая Десанна, который, узнав известного джедая — победителя грозного Джерека — похищает Джен. Кайл пытается помешать ему, но Десанн легко справляется с ним при помощи Силы и заставляет Кайла убедиться в гибели своей соратницы.
Кайл в ярости решает вновь стать джедаем и отправляется в Долину Джедаев, где снова получает Силу.
