Сюжет построен на том, что Кратоса постоянно преследуют видения из его прошлого, которые заставляют его отправиться в опасное и трудное путешествие, чтобы распутать клубок тайны.
На протяжении долгого пути, Кратос постепенно узнаёт те вещи, которые ранее были неведомы ему и мучили видениями. Кратос спускается с Олимпа в Атлантиду, чтобы узнать всю правду о своём родном брате Деймосе, которого похитили боги в раннем детстве. В поисках ответов на свои вопросы он посещает Атлантиду, которую своими действиями привел к потопу.
