События игры продолжают сюжетную линию предыдущей части, Final Fantasy VIII. Действие девятой части серии разворачивается в вымышленном мире, который называется Гайя. В центре сюжета — вооружённое противостояние нескольких крупных наций. Зачинщицей этого военного конфликта является королева Брана.
Игрок знакомится с историей жизни молодого воришки Зидана Трибала. Ему предстоит объединиться в альянс с другими персонажами, чтобы положить конец козням злобной правительницы, вернув землям мир. Ситуация переворачивается вверх дном, когда героям становится известно, что Брана — лишь марионетка в руках серого кардинала, жестокого гения Куджа.
